Фамилия Фасхутдинова образована от мужского мусульманского имени Фасхутдин, что в переводе с арабского означает «искусный, красноречивый проповедник религии». Основа имени — двухкорневая: «фасх» (красноречие, искусность в речи) и «дин» (вера, религия). В арабской традиции имена, включающие компонент «дин», подчёркивали религиозное призвание или благочестие человека, поэтому Фасхутдином могли наречь мальчика в семье, где ждали, что он станет учёным богословом или имамом.

Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного с суффиксом -ов-: Фасхутдинов, а женская форма Фасхутдинова — это та же фамилия, но с грамматическим показателем женского рода. Такая модель типична для русскоязычной передачи тюркских и арабо-мусульманских имён, когда к основе добавляется славянский суффикс принадлежности, указывающий на «сына такого-то» или «род такого-то». Интересно, что в самой татарской среде, откуда фамилия чаще всего происходит, аналогичное имя могло давать фамилию и без суффикса — просто Фасхутдинов или даже Фасхутдинов-ов, где русский суффикс уже дублировал тюркскую конструкцию.

Процесс формирования таких фамилий у волго-уральских татар, башкир и других мусульманских народов России шёл в основном в XIX веке, когда началась обязательная фиксация фамилий при переписях и метрическом учёте. До этого человек чаще именовался по отцу: Фасхутдин улы (сын Фасхутдина), и лишь позже это превратилось в наследственную фамилию. Поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Фасхутдиновых можно только на основании генеалогических исследований — метрических книг, ревизских сказок или данных о конкретных деревнях, где жили первые носители.

Стоит различать фамилию Фасхутдинова и близкие по звучанию, но иные по происхождению: Фасхутдинов, Фасхиев, Фасхутдинов-Ахтямов. Все они восходят к арабскому корню «фасх», но в разных комбинациях. Если Фасхутдинов — от полного имени, то Фасхиев, например, может происходить от сокращённой формы Фасхи, что тоже означает «красноречивый», но без религиозного компонента. Такое ветвление показывает, насколько вариативной была ономастическая традиция: одно и то же качество — искусность в слове — давало начало целому семейству фамилий.

Географически фамилия чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях, где исторически проживало многочисленное татаро-башкирское население. Встречаются и носители в Средней Азии, что связано с миграциями XX века. Однако массового распространения за пределами этих регионов фамилия не получила, что делает её довольно локальной и узнаваемой для тех, кто интересуется историей татарских родов.