Фамилия Фадхутдинова — редкий пример, когда обрусевшая форма сохранила почти нетронутым арабский корень. Она образована от мужского имени Фадхутдин, которое восходит к арабскому «Фадль ад-Дин» — «достоинство веры» или «щедрость религии». Основа имени — «фадль» (превосходство, милость, щедрость) и «дин» (вера, религия). Такие составные имена с компонентом «дин» были особенно популярны в мусульманских семьях Поволжья и Средней Азии, поскольку несли религиозный смысл и считались благословенными.

Суффикс «-ов» в фамилии Фадхутдинова — классический русский патронимический формант, указывающий на принадлежность. В данном случае он прирос к татарскому или башкирскому имени, что типично для фамилий, возникших после вхождения татарских и башкирских земель в состав Российского государства. Женская форма Фадхутдинова означает «дочь или жена Фадхутдина», а мужская — Фадхутдинов.

Географически фамилия тяготеет к Татарстану, Башкортостану и Оренбургской области. Встречается она редко: по данным открытых телефонных справочников, носителей — не более нескольких сотен на всю Россию. Это говорит о том, что фамилия не разошлась широко по стране, а осталась локальной, возможно, связанной с одним родом или несколькими семьями из одного села.

С точки зрения словообразования интересно, что имя Фадхутдин не подверглось сильному искажению при переносе в русскую письменность. В отличие от, скажем, «Фатхутдинов», где «фатх» (победа) заменил «фадль», здесь исходный корень сохранён. Это может указывать на то, что фамилия фиксировалась в документах поздно, уже в XIX–XX веках, когда переписчики были грамотнее или внимательнее к произношению. Предки носителей фамилии, скорее всего, были муллами, учителями при мечети или зажиточными крестьянами — людьми, для которых имя с религиозным значением было естественным выбором.