Фамилия Фахутдинов — одна из тех, что прямо указывает на религиозные и культурные корни своих носителей. Её основа — арабское мужское имя Фахутдин (варианты: Фахретдин, Фахриддин), которое состоит из двух частей: «фахр» (гордость, слава, честь) и «дин» (вера, религия). В целом имя означает «гордость веры» или «слава религии». Это типичное мусульманское теофорное имя, популярное у татар, башкир и других тюркских народов, исповедующих ислам. Фамилия образована по русской модели патронимии: к тюркскому имени добавили русский суффикс -ов, который указывает на принадлежность («сын Фахутдина»). Такой гибридный способ словообразования — частая история для фамилий народов Поволжья и Урала, где исламские имена «обрусевали» при оформлении документов в XIX веке.

Интересно, что написание фамилии встречается в двух основных вариантах: Фахутдинов и Фахретдинов. Разница в огласовке — «у» или «е» в первом слоге — связана с особенностями произношения в разных диалектах татарского языка. В казанском (мишарском) говоре имя чаще звучало как Фахутдин, отсюда и соответствующая фамилия. Вариант с «е» (Фахретдинов) более характерен для западных башкир и некоторых групп татар. Оба варианта восходят к одному арабскому корню, и носители этих фамилий — не просто однофамильцы, а люди, чьи предки носили одно и то же имя, но в разной местной огласовке.

Географически фамилия Фахутдинов распространена в основном в Татарстане, Башкортостане, а также в Челябинской и Оренбургской областях — регионах традиционного расселения татар и башкир. Встречается она и среди казахов, что объясняется общим культурным и религиозным фоном. Социальный состав предков был смешанным: имя Фахутдин носили и муллы, и торговцы, и крестьяне. В отличие от фамилий, образованных от прозвищ или профессий, эта не даёт прямой подсказки о роде занятий, зато точно говорит о вероисповедании и культурной среде, в которой жил первый носитель.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Фахриев, Фахрутдинов) показывает, что все они — вариации одного корня, различающиеся степенью полноты исходного имени. Если Фахрутдинов сохраняет все три слога арабского имени, то Фахриев — это уже сокращение до первой части. Фахутдинов занимает промежуточное положение: он короче полного варианта на один слог, но всё ещё узнаваемо мусульманский. Такая редукция — обычное дело для фамилий, которые оформлялись в русской канцелярской среде: чиновники часто записывали имя на слух, «отсекая» лишние, с их точки зрения, звуки.