Фамилия Фахуртдинов происходит от арабского мужского имени Фахруддин. В переводе на русский оно означает «слава веры» — это составное имя, где «фахр» — слава, гордость, а «дин» — вера, религия. Носители такого имени были распространены среди мусульманских народов, и в России фамилия встречается в основном у татар и башкир, что указывает на региональные корни рода.

Исходная форма Фахруддин со временем упростилась до Фахуртдин: звук «д» перед «т» оглушился, а гласные перестроились под более привычное для тюркских языков звучание. От этого бытового варианта имени и образовали фамилию — с помощью русского патронимического суффикса -ов, который добавлялся к основам на согласный. Такой способ словообразования типичен для фамилий, которые закреплялись в документах начиная с XIX века, когда переписи населения фиксировали имена отцов как наследственные прозвища семей.

Важно не путать Фахуртдинова с однокоренными Фахрутдиновым и Фахритдиновым. Разница в написании отражает разные диалектные произношения одного и того же имени: в одних говорах ударный гласный звучал как «у», в других — как «и». Все эти фамилии самостоятельны, но генетически восходят к одному корню, и их носители — дальние родственники.

Имя Фахруддин давали в честь известных богословов и суфийских шейхов, поэтому предки Фахуртдиновых могли быть людьми религиозными или принадлежать к образованным слоям мусульманского общества. Однако точных сведений о сословии первых носителей фамилии нет — в метрических книгах и ревизских сказках она встречается и у крестьян, и у торговцев, и у духовных лиц, что говорит о широком распространении имени среди разных групп населения.

Встречаются также варианты с удвоенной согласной — Фахуртдинов, и с окончанием -ев, что связано с особенностями местного произношения. Сама фамилия нередко писалась через «х» или «къ», пока в советское время не унифицировали орфографию. Сегодня Фахуртдиновы живут по всей России, но наибольшая концентрация — в Татарстане, Башкортостане и в регионах с компактным проживанием татар, например в Ульяновской и Оренбургской областях.