Фамилия Фахертдинов — яркий пример того, как русский суффикс прирастает к корню из арабского языка. Основа здесь — арабское имя Фахертдин (Фахретдин, Фахриддин), которое в исламской традиции означает «гордость веры» или «слава религии». «Фахр» — гордость, честь, «дин» — вера, религия. Имя это было широко распространено среди мусульманских народов, особенно у татар и башкир, что сразу указывает на географию и этническое происхождение фамилии.

Модель образования типична для татарских и башкирских фамилий, которые адаптировались в русской среде: к основе Фахертдин добавили русский патронимический суффикс -ов. Получилось буквально «сын Фахертдина». Интересно, что вариант с «и» — Фахертдинов — встречается чаще, чем исходный Фахретдинов. Это не ошибка, а результат исторической адаптации: в тюркских языках гласные в таких именах нередко редуцируются или меняются под влиянием местных говоров, а при записи по-русски закрепился именно такой вариант.

По сути, фамилия не несёт в себе никакого прозвища или ремесла — она целиком восходит к личному имени предка. Это значит, что первый носитель фамилии, скорее всего, был либо муллой, либо просто набожным человеком, которому дали такое имя при рождении. В татарской и башкирской среде имена с компонентом «дин» (вера) традиционно давали в семьях, где ценили религиозное образование, так что предок вполне мог быть связан с духовенством или обучением Корану.

В метрических книгах и ревизских сказках XIX века фамилия встречается в основном на территории современных Татарстана и Башкортостана, а также в Оренбургской губернии. Встречаются двойные написания через «е» и «и» даже в одних и тех же семьях, что говорит о нестабильности орфографии на этапе становления фамилий у мусульманских народов Российской империи.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Фахрутдинов, Фахриев, Фахри — показывает, что все они построены вокруг одного корня, но различаются суффиксами. Фахертдинов — один из самых полных и архаичных вариантов, сохранивших трёхсложную основу имени.