Фамилия Фахеров — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд она кажется образованной от арабского имени Фахер (Фахр), что значит «гордость», «слава». Такое имя действительно встречается у тюркских и кавказских народов, принявших ислам. Но здесь есть нюанс: если бы фамилию дали напрямую от имени Фахер, она, скорее всего, писалась бы через «е» — Фахеров. Вариант через «а» — Фахеров — указывает на иную основу.

Скорее всего, в основе лежит прозвище или профессиональное название. В тюркских языках есть слово «фахер» или «фахыр» в значении «бедняк», «нищий». Прозвище Фахер могли дать человеку небогатому, но не обязательно в уничижительном смысле — в старину бедность нередко связывали с благочестием, смирением. От такого прозвища и пошла фамилия: Фахер + ов (русский патронимический суффикс, означающий «сын Фахера», «из рода Фахера»).

Модель образования типична для русских фамилий, возникших в среде крещёных татар, башкир или других народов Поволжья и Приуралья. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия оформлялась уже по русскому образцу, а основа осталась тюркской. Географически фамилия Фахеров встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области — там, где веками жили тюркские народы, входившие в состав Российской империи.

Версия о происхождении от арабского «факих» (законовед, знаток ислама) маловероятна: переход «к» в «х» в русской записи нехарактерен, а суффикс -еров для такой основы необычен. Поэтому наиболее правдоподобно связывать фамилию с прозвищем, обозначавшим бедного, скромного человека, или с именем Фахер в его тюркском бытовании. Сословная принадлежность носителей фамилии, скорее всего, была крестьянской или мещанской — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.