Фамилия Фахурутдинов — один из ярких примеров того, как русский суффикс -ов прирастает к длинному арабскому имени, превращая его в привычную русскую фамилию. В основе лежит арабское имя Фахруддин (Фахр ад-Дин), что значит «гордость веры» или «слава религии». Имя составное: «фахр» — гордость, честь, слава, и «дин» — вера, религия. Такие имена с компонентом «дин» (например, Нуруддин, Сайфуддин) были очень распространены в мусульманском мире, особенно среди тюркских народов, принявших ислам.

Модель образования типична для русских фамилий из тюркской среды: к основе, заканчивающейся на согласный, добавляется суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»). Фахурутдинов — буквально «сын Фахрутдина» или «потомок Фахрутдина». Любопытно, что в татарском и башкирском языках имя часто произносят как Фәхретдин, а фамилия в русской записи закрепилась с полной огласовкой — Фахурутдинов. Встречаются и более редкие варианты: Фахретдинов, Фахрутдинов.

Географически фамилия плотнее всего привязана к Татарстану и Башкортостану, а также к тем регионам России, куда в XVIII–XIX веках переселялись поволжские татары (Оренбуржье, Челябинская область, Пермский край). В метрических книгах и ревизских сказках XIX века фамилия уже фигурирует, что говорит о её давнем бытовании среди татарского и башкирского крестьянства, купечества и духовенства. Носители фамилии могли быть муллами, учителями медресе, торговцами — людьми, чей социальный статус предполагал знание арабской грамоты и исламского образования.

С точки зрения русского языка, фамилия не склоняется по правилам заимствованных основ: ударение падает на третий слог (Фахурутди́нов), и при склонении меняется только окончание: Фахурутдинову, Фахурутдиновым. В отличие от многих фамилий на -ов, здесь нет редукции гласных в корне — имя сохраняет свою исходную фонетику. Это делает фамилию легко узнаваемой и практически исключает путаницу с однокоренными вариантами.