Фамилия Фатхудинова ведет свое начало от мусульманского мужского имени Фатхудин, которое, как и большинство восточных имен, имеет сложную структуру и состоит из двух частей. Первая из них, скорее всего, восходит к арабскому мужскому имени Фатхи, которое переводится как «победа, победитель». Второй компонент имени — Дин — также представляет собой арабское имя, означающее «религия, вера». Таким образом, имя Фатхудин буквально переводится как «победа религии». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Фатхудиновых можно лишь на основании генеалогических исследований.