Фамилия Фатюшкин образована от уменьшительной формы крестильного имени. В её основе лежит имя Фатюшка, которое в старину было распространённой народной формой сразу для нескольких канонических имён. Чаще всего так называли мальчиков, получивших при крещении имя Фотий. Оно восходит к греческому слову fos — «свет». В акающих говорах, где безударное «о» произносили как «а», имя постепенно превратилось в Фатий, а затем обросло уменьшительными суффиксами: Фатюшка, Фатя, Фатька.

Однако имя Фатюшка носили и те, кто в святцах значился Иосафатом или Вонифатием. Иосафат переводится с древнееврейского как «Бог судит», а Вонифатий — с латинского как «делающий добро». Для повседневного общения такие длинные имена были неудобны, поэтому их сокращали до созвучного и привычного Фатюшки. Различить, от какого именно имени пошла конкретная ветвь рода, сегодня уже невозможно — все пути ведут к одному прозвищу, которое и закрепилось за человеком.

Сама фамилия построена по классической русской модели: к основе Фатюшк- добавили суффикс принадлежности -ин, указывающий на родство. Первоначально Фатюшкин означало «сын Фатюшки» или «человек из семьи Фатюшки». Такая схема образования фамилий от уменьшительных имён была особенно распространена в северных и центральных русских землях, где крестьянские фамилии часто фиксировали не полное имя предка, а то, как его звали в быту.

Интересно, что фамилия сохранила в себе следы живой разговорной речи: она не застыла в книжной форме «Фотиев» или «Фатьев», а передала именно ту форму, которую использовали в повседневном общении. Это делает её ценным свидетельством того, как звучал русский язык в прошлом, — в ней слышны и аканье, и ласкательный суффикс, и привычка сокращать длинные имена до коротких домашних прозвищ.