Фамилия Фидаков — редкий случай, когда географический адрес подсказывает происхождение точнее, чем лингвистический разбор. Если отбросить очевидную, но маловероятную версию о связи с арабским именем Фида (встречается у народов Кавказа), то основная масса носителей сосредоточена в зоне русско-осетинского пограничья, в частности, в Моздокском районе Северной Осетии. Там фамилия фиксируется как потомственная у моздокских казаков-осетин, перешедших в православие ещё в XVIII веке.

Модель образования — классическая русская: суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»). Основа — прозвище или неканоническое имя Фидак. В осетинском языке слово «фид» (fyd) означает «отец», а уменьшительный суффикс -аг даёт значение «отцовский», «батюшкин». Скорее всего, так в быту называли сына, названного в честь деда или просто любимого наследника. Таким образом, Фидаков — это «сын Фидака», где Фидак — ласковое или уважительное прозвище отца.

Версия о тюркских корнях (от «фида» — «жертва», «самопожертвование») менее убедительна: в русских фамилиях тюркские основы обычно не получают уменьшительного суффикса -ак, а сразу обрастают -ов. Фидак — форма именно осетинского бытового словообразования, хорошо знакомая по фамилиям Царикаев, Битаров, Дзагоев, где основа тоже личное прозвище с уменьшительным суффиксом.

В дореволюционных метрических книгах Терской области фамилия встречается с разной фиксацией ударения — Фидаков и Фидакóв. Первый вариант (с ударением на первый слог) тяготеет к русской модели ударения в фамилиях на -ов, второй — к осетинской, где ударение часто падает на последний слог. Современные носители в Осетии произносят её как Фидакóв, что косвенно подтверждает осетинский след.

Сословно предки Фидаковых, скорее всего, относились к государственным крестьянам или казакам — в списках моздокских станиц XVIII–XIX веков фамилия встречается среди однодворцев, а не дворян. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не числится.