Фамилия Фидунина — женская форма, а её основа — мужская фамилия Фидунин. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — «Фидунин», то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Фидуня.

Самая вероятная версия происхождения — от уменьшительно-ласкательной формы крестильного имени Фёдор. В народной речи это имя звучало как Хведор, Федя, а в некоторых диалектах давало варианты вроде Фидун, Фидуня. Суффикс -ун в прозвищах характерен для северных и северо-восточных говоров (сравните: «бегун», «говорун», но в именах — «Якун» от Яков, «Петрун» от Пётр). Так Фидуня могло быть ласковым обращением к человеку по имени Фёдор.

Есть и вторая, менее очевидная возможность. В некоторых говорах слово «фидун» или «фидуля» могло означать нечто вроде «непоседа», «егоза» или «привередливый человек». Если это так, то прозвище Фидуня дали бы человеку с беспокойным или капризным характером. Но эта версия слабее: слово не зафиксировано в крупных словарях диалектной лексики, а имя Фёдор в народных формах встречается повсеместно.

Фамилия Фидунин — довольно редкая. По данным переписей и телефонных справочников, её носители в основном сосредоточены в Вологодской и Архангельской областях, а также в Кировской области. Это подтверждает северное происхождение суффикса -ун в основе. Встречается она и в центральных регионах, но единичными семьями.

Социально фамилия Фидунин, скорее всего, крестьянская: суффикс -ин в сочетании с диалектной основой типичен для фамилий, которые закрепились в XVI–XVII веках у непривилегированных сословий. Дворянских родов с такой фамилией не известно.