Фамилия Фидунов — одна из тех, где основа настолько редкая, что сразу заставляет задуматься: откуда она взялась? Слово «фидун» не встречается ни в словарях древнерусского языка, ни в диалектной лексике. Поэтому логичнее всего искать корень не в русском, а в тюркских языках.

Вероятнее всего, в основе лежит тюркское прозвище или имя. Например, в казахском и татарском языках есть слово «фидын» (или «фидун») в значении «жертва», «жертвенный дар». В исламской традиции это понятие связано с искуплением или посвящением. Человек мог получить такое прозвище при рождении, если родители давали обет, или как имя, данное в честь какого-то события. Прозвище Фидун закрепилось за главой семьи, а его потомки стали Фидуновыми — то есть «дети Фидуна».

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель. Фамилия образована по принципу «чей?»: Фидун → Фидунов. Это значит, что предок носителя фамилии, скорее всего, был крещёным татарином, башкиром или представителем другого тюркского народа, вошедшего в состав Русского государства. В XVI–XVII веках такие фамилии часто возникали в среде служилых людей — казаков, стрельцов, мелких помещиков, которые принимали православие и получали русскую фамилию от своего старого прозвища.

Есть и более прозаичная версия: «фидун» мог быть искажением от «фитиль» или «фидун» как диалектное название какого-то орудия или предмета. Но она слабее, потому что ни в одном говоре такое слово не зафиксировано. Тюркское происхождение остаётся основным и объясняет редкость фамилии — она привязана к конкретному роду или небольшой группе переселенцев.

Географически Фидуновы встречаются в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает версию о тюркских корнях. В дореволюционных списках эта фамилия не была распространена среди дворянства, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение.