Фамилия Федунов происходит от старинного русского имени Федун. Это не самостоятельное имя, а просторечная, уменьшительная форма канонических имен Феодул или Феодор. Первое в переводе с древнегреческого означает «раб богов», второе — «подаренный богом». Обе основы восходят к церковной традиции имянаречения, поэтому корень у фамилии двойной, и точно сказать, какое именно имя носил самый первый Федун, уже невозможно.

В XVI–XVII веках имя Феодор, в обиходе звучавшее как Фёдор, было одним из самых распространенных на Руси. По частоте употребления оно уступало только Ивану и Василию. Такая популярность породила множество производных форм: Федун, Федул, Федька, Федяй. Имя Федун закрепилось в крестьянской и посадской среде как ласкательное или обиходное обращение. Потомок человека, которого звали Федуном, со временем получал фамилию Федунов — по стандартной модели русского словообразования, отвечающей на вопрос «чей сын?».

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Федунов буквально означает «сын Федуна». Такая модель в XV–XVII веках стала основной для формирования русских фамилий, вытеснив более древние прозвищные формы. Интересно, что фамилия сохранила именно народное, а не книжное звучание имени: если бы предок носил полную форму, мы бы имели фамилию Феодоров или Фёдоров. Форма Федунов — маркер того, что фамилия сложилась в живой разговорной среде, а не в канцелярских документах.

Встречаются и родственные фамилии: Федулов, Федулин, Федин, Федьков. Все они образованы от разных уменьшительных форм того же имени, что подтверждает: в основе лежит не прозвище по ремеслу или внешности, а именно личное имя. Географически фамилия распространена повсеместно, но чаще встречается в центральных и северных регионах России, где в старину были сильны традиции просторечных форм имен.

Отдельно стоит сказать о возможной связи с греческим корнем. Феодул — имя редкое, но именно оно дало форму Федул, от которой также могло возникнуть Федун через упрощение. Однако более вероятным источником всё же следует считать Фёдора: массовость имени в XVI–XVII веках делала его производные самыми частотными. Таким образом, фамилия Федунов — типичный пример того, как личное имя, пройдя через народную переработку, закрепилось в качестве родового обозначения.