Основой фамилии Федун послужило церковное имя Феодул или Феодор. Федун – производная форма мужского имени Феодул, которое в переводе с древнегреческого означает «раб богов», или Феодор (от греческого «подаренный богом»). В XVI-XVII веках имя Феодор (в просторечной форме Фёдор) было одним из самых распространенных русских имен и уступало в частоте употребления только Ивану и Василию.