Фамилия Федуненко — яркий пример украинской модели образования фамилий, указывающий на происхождение от личного имени. Её основа — каноническое имя Феодор (греч. Theodoros — «дар Божий»), которое в народной русской и украинской речи претерпело сокращение: Феодор → Федул → уменьшительное Федун. Суффикс -енко, типичный для Поднепровья и Левобережной Украины, буквально означает «маленький» или «потомок». Таким образом, Федуненко — это «сын Федуна», то есть потомок человека, которого в быту звали уменьшительно-ласкательно от Федора.

Стоит обратить внимание на то, что в украинской ономастике фамилии на -енко массово закрепились в XVI–XVII веках, особенно среди казачества и крестьянства. Федуненко, скорее всего, возникла именно в этот период в центральных или восточных регионах Украины. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые указывали на принадлежность отцу (чей сын?), украинские на -енко подчёркивали родство по прямой линии, что было характерно для общин, где вели учёт по отчеству.

Интересно, что имя Феодор дало в украинском языке целый ряд фамилий-«близнецов»: Федоренко, Федченко, Федюк, Федун. Федуненко стоит в этом ряду особняком — у него редкая двойная суффиксация: сначала уменьшительный суффикс -ун (как в словах «говорун», «бегун»), а затем родовой -енко. Такая цепочка встречается нечасто и указывает на то, что прозвище Федун было настолько устойчивым, что от него образовывали уже фамилию, а не от полного имени.

Географически фамилия тяготеет к Полтавщине и Черкасщине, где традиционно были сильны казацкие роды. В дореволюционных переписях Федуненко встречаются в основном среди государственных крестьян и мещан. Дворянских ветвей с такой фамилией не зафиксировано — это говорит о её простонародном, но не унизительном происхождении.