Фамилия Федунов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Федунов послужило церковное имя Феодул. В основу фамилии Федунов легло имя Федун – производная форма мужского имени Феодул, которое в переводе с древнегреческого означает «раб богов», или Феодор (от греческого «подаренный богом»). В XVI-XVII веках имя Феодор (в просторечной форме Фёдор) было одним из самых распространенных русских имен и уступало в частоте употребления только Ивану и Василию. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Федун, со временем получил фамилию Федунов. О точном месте и времени возникновения фамилии Федунов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Федунов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.