Фамилия Федунин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Федунин послужило церковное имя Феодор. Федуня — производная форма имени Феодор, которое восходит к древнегреческому theodoros, что значит «божий дар». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Федуня, со временем получил фамилию Федунин. О точном месте и времени возникновения фамилии Федунин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Федунин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.