Фамилия Филалеевы образована от личного имени или прозвища предка, и в её основе лежит имя Филалей. Чаще всего его считают уменьшительным вариантом канонического мужского имени Фалалей, которое предположительно восходит к греческим словам thallō — «цвести» и elaia — «маслина», то есть переводится как «цветущая маслина». Однако здесь стоит сделать оговорку: народная этимология часто сближает греческие корни, но точное происхождение имени Фалалей в церковных святцах не всегда прозрачно, и версия с «цветущей маслиной» — самая распространённая, но не единственная.

Интереснее другая линия. Владимир Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» фиксирует слово «фалалей» как «простак, разиня». Это даёт основание предположить, что Филалеем могли прозвать бесхитростного, медлительного или рассеянного человека. В таком случае фамилия отражает не церковное имя, а бытовое прозвище, которое закрепилось за родом. Обе версии имеют право на существование: имя Филалей встречалось в крестьянской и мещанской среде, а прозвище с тем же корнем могло возникнуть независимо, по созвучию.

Сама фамилия построена по простой и понятной модели: к основе Филалей добавлен суффикс -ев, указывающий на принадлежность. Буквально Филалеев — «сын Филалея», а со временем форма закрепилась за всем родом, дав современное Филалеевы. Такая словообразовательная схема типична для русских фамилий, но обращает на себя внимание редкая основа: в отличие от частотных Ивановых или Петровых, Филалеевы встречаются не повсеместно, что делает фамилию локально выраженной.

Процесс формирования конкретной фамилии мог быть длительным и не всегда привязан к одной местности, поэтому окончательно говорить о точном времени и месте её возникновения можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований. Тем не менее уже сейчас ясно: фамилия Филалеевы — это памятник славянской культуры, в котором сплелись книжное церковное имя и живое народное слово, а выбор между ними зависит от того, кем был первый носитель — набожным крестьянином или человеком, получившим насмешливое уличное прозвище.