Фамилия Филеев — один из примеров, где корень спрятан за привычным суффиксом. На первый взгляд она похожа на множество фамилий на -еев, но её основа не имя и не прозвище в чистом виде, а церковное имя Филей — просторечная, бытовая форма греческого имени Филарет (в переводе — «любящий добродетель»). В народе Филарета могли звать Филей, Филя, Филька, и от этой короткой формы и пошла фамилия: Филей + -ев, то есть «сын Филея».

Модель образования здесь классическая для русских фамилий XIX века: суффикс -ев присоединялся к основам на -й или мягкий согласный. В отличие от фамилий на -ов (от основ на твёрдый согласный), Филеев звучит мягче, и это сразу указывает на происхождение от имени с окончанием на -ей. Сравните: Филей — Филеев, как Тимофей — Тимофеев, Алексей — Алексеев.

Интересно, что фамилия Филеев могла иметь и вторую, более редкую версию происхождения — от прозвища Фила или Филя, означавшего «простак», «простофиля». В диалектах слово «филя» иногда обозначало недалёкого, наивного человека. Но в случае с Филеевым эта версия менее правдоподобна: прозвища такого рода обычно давали с явной негативной окраской, а фамилия, скорее всего, закрепилась за потомками человека, которого звали полным именем Филей, то есть Филаретом.

Географически фамилия не имеет ярко выраженного «гнезда». Она встречается в центральных областях России, в Поволжье, но не образует плотных ареалов. Это типичная фамилия крестьянского или мещанского сословия, которая фиксировалась в переписных книгах XIX века без привязки к дворянству или духовенству. В документах того времени можно встретить написание «Филеев» и реже «Филеевъ» — до реформы орфографии 1918 года.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Филеев стоит в одном ряду с Филатовым, Филатьевым и Филиным. Но Филатов образован от полной формы имени Филат (народное от Филарет), а Филеев — от более короткой, обиходной. Это делает его чуть более «домашним» по звучанию, будто фамилия пошла не от официального имени, а от того, как человека звали в семье или в деревне.