Фамилия Филекина образована от мужского имени Филека — уменьшительной формы крестильного имени Филетер (от греческого «филэтэс» — «друг, товарищ»). В народной речи такие усечённые формы были обычны: Филя, Филека, Филин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Филекин — «сын Филеки» или «человек из семьи Филеки». Форма Филекина — женский вариант, закрепившийся в документах за женщинами, либо исходная форма фамилии в родительном падеже (от кого? — Филекина).

В отличие от более распространённых Филатовых, Филипповых или Филоновых, Филекины — фамилия редкая. Её географическое ядро, по данным современных телефонных справочников и архивных записей, — Вологодская и Кировская области, а также отдельные районы Пермского края. Это указывает на северорусское происхождение: в XVI–XVII веках такие фамилии на -ин часто фиксировали у крестьян и посадских людей именно на Русском Севере.

Основа Филека могла быть и прозвищной: в говорах «филя» означало простака, недалёкого человека (ср. «филя-простофиля»). Однако в данном случае церковное имя Филетер — более надёжный источник, поскольку прозвищная версия не объясняет суффикс -ек, характерный для ласкательных форм крестильных имён. Двойная трактовка возможна, но для Филекиных антропонимисты склоняются к имени-основе.

Фамилия не имеет дворянских корней и не встречается в родословных книгах. Скорее всего, предки Филекиных — крестьяне или ремесленники. В метрических книгах XIX века фамилия изредка попадается в записях о браках и рождениях в Вологодской губернии, что подтверждает её народный, неаристократический характер.

Сейчас Филекины — это несколько десятков семей в России, разбросанных по городам, но сохранивших связь с северо-восточным ареалом. Фамилия не изменила своего написания за последние двести лет, что делает её удобной для генеалогического поиска: в дореволюционных документах она писалась так же — через «и» и с окончанием -а.