Фамилия Филеки — редкая и неочевидная по происхождению. Её носители, скорее всего, сосредоточены на юге России, Украине или в Молдавии, хотя точная география не установлена. Первое, что бросается в глаза, — окончание «-и». В русской фамильной модели это характерно для фамилий польского, украинского или белорусского происхождения (типа Ковальски, Березовски), но в данном случае это может быть и застывшая форма родительного падежа множественного числа. Однако гораздо вероятнее, что Филеки — это русифицированный вариант фамилии Филека, Филек или Филецкий.

Основа «Филек» почти наверняка восходит к уменьшительной форме имени Филипп. В украинском и южнорусском просторечии Филиппа часто называли Филя, Филька, Филек. Суффикс «-ек» здесь не просто уменьшительно-ласкательный, а указывает на конкретного человека — «маленький Филя» или «сын Фили». Тогда фамилия Филеки — это форма множественного числа, означающая «из семьи Филеков» (дети или потомки Филека). Такая модель образования (от отчества во множественном числе) встречается в украинской и польской ономастике, но для русского языка она нетипична и может указывать на позднюю фиксацию фамилии в документах.

Существует и менее вероятная, но возможная версия: связь с диалектным словом «филек» — так в некоторых говорах называли филина или другую ночную птицу. Прозвище Филек могли дать за схожесть с птицей (большие глаза, ночной образ жизни, нелюдимость). В этом случае фамилия Филеки — это потомки человека по прозвищу Филек. Однако фонетически слово «филин» и «филек» не совпадают, и эта гипотеза слабее.

Версия с именем Филипп наиболее правдоподобна по двум причинам. Во-первых, она объясняет и суффикс, и конечное «-и». Во-вторых, имя Филипп было очень распространено на юге России и Украине, где давало множество производных форм. Фамилия Филеки могла возникнуть в среде крестьян или мещан, где отчество в быту заменяли прозвищем по отцу. Так что, скорее всего, первые Филеки — это потомки человека по имени Филек (Филипп), а сама фамилия хранит в себе старую, почти забытую форму обращения.