Фамилия Филенкина — женская форма от Филенкин, а та, в свою очередь, принадлежит к группе фамилий, образованных от просторечных или уменьшительных форм крестильных имён. В основе лежит имя Филенка — одна из народных версий канонического имени Филипп. В русском языке имя Филипп в бытовой речи сокращали до Фили, Филя, Филенька, отсюда и пошли Филенковы, Филенкины. Суффикс -кин указывает на принадлежность: Филенкин сын, то есть потомок человека по прозвищу или имени Филенка.

Если копнуть глубже, есть и вторая, менее очевидная версия. В южнорусских и украинских говорах словом «филенка» называли тонкую доску или вставку в филёнчатой двери. Прозвище Филенка мог получить столяр или плотник, работавший с такими деталями. Однако эта версия слабее: прозвища по ремеслу обычно давались в форме Филенщик, а уменьшительное Филенка гораздо естественнее выводится из имени.

По суффиксу можно определить, что фамилия сформировалась в среде, где было распространено «уличное» именование по отцу: не по документу, а по домашнему прозвищу. Филенкины — не дворянский род, а крестьянская или мещанская фамилия, типичная для центральной России и Поволжья. Встречается она негусто, но стабильно в Тверской, Костромской и Нижегородской областях — как раз там, где имя Филипп было популярно, а его уменьшительные формы прижились в быту.

Особенность фамилии в том, что она сохранила «живой» суффикс -енк-, который обычно свойствен украинским фамилиям (Филенко), но в русском варианте получила «великорусский» суффикс -ин. Это редкий случай, когда две модели скрестились: основа украинского типа, а окончание — московское. Такие фамилии встречаются на стыке культур, в пограничных районах или у переселенцев.