Фамилия Филинковский — одна из тех, что сразу выдают своё польское или западнорусское происхождение. Характерный суффикс -овский (в польском варианте -owski) указывает на шляхетскую или, как минимум, землевладельческую модель образования фамилий. В Речи Посполитой, а затем и в западных губерниях Российской империи такие фамилии давали по названию имения или местечка: Филинково, Филинка или Филинки. Если такой топоним существовал, то его основатель — шляхтич, владевший этим хутором или деревней, — и становился первым носителем фамилии.

Основа Филин- может восходить к нескольким корням. Самый прямой — от птицы «филин», то есть прозвище человека с большими глазами, ночным образом жизни или нелюдимого нрава. Однако в польской и украинской ономастике нередко встречается и уменьшительная форма от имени Филипп — Филя, Филин. То есть Филинковский мог быть сыном или потомком некоего Филина (Филиппа). Третий, менее вероятный вариант — от названия растения «филинка» (вид полыни), но для фамилии такой корень редок.

Географически фамилия Филинковский тяготеет к территории бывшего Великого княжества Литовского — современные Беларусь, Польша, запад Украины и Литва. В Российской империи после разделов Польши такие фамилии нередко русифицировали, меняя окончание на -ов, но вариант -овский сохранился у тех, кто остался в католической или униатской среде либо принадлежал к мелкой шляхте, не перешедшей в православие.

Сословно носители фамилии чаще всего относились к мелкопоместной шляхте или однодворцам. В XIX веке многие из них записывались в мещанство или крестьянство, но память о шляхетском прошлом оставалась в фамильном суффиксе. В современных адресных книгах фамилия встречается редко, в основном в Беларуси и восточной Польше, что подтверждает её локальный характер.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Филин, Филинов, Филинский, — то Филинковский стоит особняком именно из-за двойного суффикса: -ин- + -овский. Такая конструкция типична для топонимических фамилий, где первая часть — притяжательное прилагательное от личного имени или прозвища (Филин), а вторая — указание на принадлежность к месту. То есть буквально: «тот, кто из усадьбы Филина».