Фамилия Филишина — женская форма, а её мужской вариант — Филишин. Принадлежит к распространённому в русской ономастике типу фамилий на -ин, которые образованы от имён, прозвищ или названий профессий, оканчивающихся на -а или -я. Основа здесь — Филиша, уменьшительная или обиходная форма от крестильного имени Филипп. В народной речи имя Филипп часто сокращали до Фили, Филя, а ласкательный вариант с суффиксом -иш- давал Филиша — примерно как Саша от Александр или Паша от Павел.

Филипп — имя греческого происхождения, означает «любящий коней». В святцах оно появилось благодаря апостолу Филиппу и нескольким раннехристианским мученикам. На Руси имя было популярно среди всех сословий, но особенно часто встречалось у крестьян и купцов. Поэтому фамилия Филишин (и Филишина) — не редкая, но и не массовая, её носители рассеяны по разным регионам, без выраженной привязки к одной местности.

Модель образования проста: к основе Филиша добавили притяжательный суффикс -ин, который буквально означал «чей?» — сын Филиши. Такая схема типична для русских фамилий, возникших в XV–XVII веках, когда отчество или прозвище отца закреплялось за потомками как родовое имя. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образовывались от основ на твёрдый согласный, вариант на -ин характерен для основ на -а, -я.

Редкость фамилии в том, что суффикс -иш- в уменьшительной форме встречается реже, чем более привычные -к- (Филька) или -ш- (Филиша без промежуточного -и-). Это придаёт фамилии оттенок простонародной ласковости: Филиша — не просто Филя, а скорее «маленький Филипп» или «Филиппушка». В дореволюционных переписях такие формы нередко давали детям в крестьянских семьях, где полное имя использовали редко, а в быту обходились домашними прозвищами.

Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего Филин, Филинков, Филиппов, Филькин. Но Филишина стоит особняком именно из-за суффиксальной цепочки, которая чётко указывает на исходную форму Филиша, а не на прямое производное от Филипп. Это помогает отличить её от фамилий, возникших от прозвища «филя» (простак, разиня) — в случае с Филишиной связь с именем более прозрачна и надёжна.