Фамилия Филишко — характерный пример восточнославянской модели фамилий на -ко, распространённой в украинской, белорусской и южнорусской ономастике. Суффикс -ко в XVI–XVII веках активно участвовал в образовании фамилий от личных имён, прозвищ и названий профессий, придавая основе уменьшительно-ласкательный или патронимический оттенок. В случае с Филишко исходной формой послужило имя Филипп, а точнее — его просторечный, народный вариант Филиш, где -ш- возникло в результате усечения и смягчения. Такая трансформация (Филипп → Филиш, как Степан → Стеш, Григорий → Гриш) типична для разговорной речи, и фамилия Филишко буквально означает «маленький Филиш» или «сын Филиша».

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Речи Посполитой: чаще всего её носители встречаются в западной Беларуси, на Волыни и в Подляшье (северо-восток современной Польши). Именно там суффикс -ко оставался продуктивным дольше, чем в центральной России, где его вытеснили -ов/-ев. В польских источниках фамилию могли записывать как Filiszko, что подтверждает связь с местной фонетикой.

Искать прямую связь с ремеслом или прозвищем не приходится: основа здесь чисто именная. Однако стоит отметить, что в некоторых говорах слово «филиш» могло быть ироничным прозвищем для щеголя или хвастуна (от польского filut — хитрец, пройдоха), но эта версия менее убедительна, так как фамилия с таким корнем не зафиксирована в старых актах как прозвищная. Вероятнее, что первый Филишко — это просто человек, которого в семье или общине звали уменьшительным именем Филиш, а его дети и внуки закрепили это прозвание как фамилию.

По сословному составу фамилия не элитарна: на -ко оседали в основном крестьяне, мещане и казаки. В реестрах Войска Запорожского XVII века встречаются однотипные образования (Федорко, Иванко), но конкретно Филишко там не прослеживается — видимо, фамилия более поздняя, массово оформившаяся в XIX веке. Если искать аналоги, то однокоренные Филиппенко, Филипчук и Филипович распространены шире, а Филишко остаётся более редким, локальным вариантом с тем же корнем, но с иной суффиксальной историей.