Фамилия Филохина — женская форма фамилии Филохин. Образована она по стандартной для русского языка модели: к основе мужской фамилии добавили суффикс -а, обозначающий принадлежность к роду (дочь или жена Филохина). Сама же мужская фамилия Филохин — типичная «полуотчество» на -ин, то есть произведена от личного имени или прозвища Филоха.

Слово Филоха — это народная, разговорная форма крестильного имени Филипп. В русском языке имя Филипп, пришедшее из греческого (phílippos — «любящий коней»), дало множество уменьшительных вариантов: Филя, Филюха, Филипка, а также Филоха. Усечение основы и замена окончания на -оха — характерный приём русской народной этимологии, ср. Антоха от Антон, Михоха от Михаил. Таким образом, Филоха — это ласковое или просторечное обращение к человеку по имени Филипп, и фамилия Филохин буквально означает «сын Филохи», то есть потомок Филиппа.

С точки зрения географии, фамилия Филохин (и, соответственно, Филохина) не относится к числу широко распространённых. Она тяготеет к центральным и южным областям России, встречается в документах по Тульской, Рязанской и Воронежской губерниям. Это косвенно указывает на то, что предки носителей фамилии были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми — в среде духовенства и дворянства такие просторечные формы имени Филипп встречались реже.

Важно отметить, что, хотя основа фамилии восходит к каноническому имени, сама фамилия не является «духовной» или «семинарской». В среде священнослужителей фамилии часто образовывали от церковнославянских форм имён (Филиппов, Филипповский), а народные варианты вроде Филохин закреплялись за крестьянскими родами. В этом смысле фамилия Филохина — честный маркер своего происхождения: она говорит о том, что предок был простым человеком, которого в быту звали не Филиппом, а по-свойски — Филохой.