Фамилия Филохин — одна из тех, где спор о происхождении упирается в разницу между полным и уменьшительным именем. Сразу скажем: связь с греческим именем Филипп («любящий коней») здесь не прямая, а опосредованная, через народную форму Филоха.

Перед нами типичная «фамилия-патроним» с суффиксом -ин. Она образована от обиходной формы Филоха, которая могла быть усечением от Филофей (греч. «боголюбивый») или от Филимон («любящий»). В русской традиции такие сокращения — обычное дело: Григорий превращался в Гришу, а Филипп в Филю, но от Филюхи до Филохи — шаг. Версия с Филиппом слабее, потому что народные варианты этого имени чаще звучали как Филипка, Филя, реже Филоха. Гораздо вероятнее, что основой послужило редкое каноническое имя Филох, которое встречается в святцах (с греч. «любящий божественное»). В таком случае Филохин означает «потомок Филоха».

Географически фамилия редкая и тяготеет к центральным и южным областям России, где исторически фиксировались прозвищные формы на -ох(а). По сословной принадлежности Филохины могли быть крестьянами или мещанами, поскольку патронимы на -ин у дворян встречаются реже, а у духовенства почти не встречаются — там предпочитали семинарские фамилии на -ский.

Словообразовательная модель проста: основа Филох- плюс притяжательный суффикс -ин. Ударение в фамилии падает на второй слог: Филóхин. Если бы в основе лежало имя с другим финалом (например, Филон), фамилия звучала бы как Филонов. Так что именно суффикс -ин и редкий корень выделяют Филохина из ряда похожих фамилий.