Фамилия Филогин — редкая, и её происхождение неочевидно. На первый взгляд она кажется искусственной или книжной, но при разборе по составу проступает вполне конкретная модель.

Основа фамилии — Филог-. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Филоги. Значит, в основе лежало личное имя или прозвище Филога. В русской традиции такие имена могли быть как исконными, так и заимствованными из греческого через церковные книги. Греческое «фило-» переводится как «любящий», «друг» (например, Филипп — «любящий коней», Филарет — «любящий добродетель»). Вторая часть -г- могла быть усечением от «агнос» (святой) или «логос» (слово, учение). Получается, Филога — это «любящий святость» или «любящий слово». Такое имя могли дать в семинарской среде или в монашестве как прозвище книжнику, грамотею или набожному человеку.

Однако не стоит исключать и чисто бытовую версию. В русских говорах слово «филога» могло быть искажённым вариантом «филок» или «филон» — так называли ленивого, уклоняющегося от работы человека (от глагола «филонить»). В этом случае Филогин — потомок того, кого дразнили бездельником. Такая версия объясняет фамилию без книжных сложностей, но менее вероятна, так как прозвища на -ога нехарактерны для русского ономастикона.

Географически фамилия Филогин почти не встречается в исторических переписях. Это говорит о том, что она могла быть единичной, возникшей в конкретной семье, возможно, в среде духовенства или городских мещан. Носителей фамилии можно пересчитать по пальцам, и большинство из них, судя по современным данным, сосредоточено в центральной России. Филогин — яркий пример фамилии-загадки, где за редким сочетанием букв стоит либо высокая книжность, либо народная ирония.