Фамилия Филонин напрямую связана с мужским именем Филон, а точнее — с его уменьшительно-ласкательной формой Филоня. Именно от неё и пошла фамилия, отвечая на вопрос «чей ты будешь?» — Филонин, то есть сын, потомок Филони. Само имя Филон имеет греческие корни и переводится как «любящий». Это крестильное имя, которое давали при рождении, и в православной традиции оно не было редкостью.

Наиболее известным носителем этого имени был Филон Александрийский — богослов и религиозный мыслитель, живший на рубеже нашей эры (примерно 25 год до н. э. — 50 год н. э.) в Александрии. Он считается ярким представителем еврейского эллинизма, а его труды и учение о Логосе оказали заметное влияние на развитие христианского богословия. Однако вряд ли все русские Филонины ведут свой род от этого мыслителя — имя было распространено и в народной среде, где его адаптировали на свой лад, превратив в привычное Филоня.

Существует и другая, более прозаичная версия происхождения. В некоторых говорах слово «филон» означало «лентяй» или «бездельник». В таком случае прозвище Филоня могло закрепиться за человеком, который не отличался усердием в работе. Не исключено, что эта версия даже правдоподобнее для крестьянской среды, где имя Филон встречалось реже, а вот прозвища, данные по характеру или поведению, были обычным делом. Получается, что фамилия могла возникнуть двумя путями: либо от церковного имени, либо от насмешливого прозвища.

Суффикс «-ин» в фамилии указывает на принадлежность к роду, что типично для русских фамилий, образованных от основ, оканчивающихся на гласную или мягкий согласный. Так что здесь мы видим классическую модель: прозвище или имя Филоня + притяжательный суффикс. Стоит заметить, что однокоренные фамилии, такие как Филонов или Филоненко, встречаются чаще, а вот Филонин — вариант более редкий и потому особенно интересный для тех, кто ищет свои корни.