Фамилия Филонина образована от мужского имени или прозвища Филоня, и в этом разборе скрыта развилка из двух версий, которые стоит рассмотреть по отдельности.

Первая версия возводит основу к крестильному имени Филон. В переводе с греческого оно означает «любящий». Имя это древнее и почитаемое: самый известный его носитель — Филон Александрийский, богослов и религиозный мыслитель, живший на рубеже эр (примерно 25 год до нашей эры — 50 год нашей эры). Он представлял еврейский эллинизм, центром которого была Александрия, и вошёл в историю учением о Логосе и экзегетическим методом, повлиявшим на последующее христианское богословие. От полной формы имени Филон образовали уменьшительно-ласкательную — Филоня, и именно она легла в основу фамилии. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Филонина означает «дочь или жена Филони», то есть потомок человека, которого в быту звали Филоней.

Вторая версия менее торжественна, но не менее правдоподобна. Она выводит прозвище Филоня из нарицательного слова «филон» — так в некоторых говорах называли лентяя. В этом случае фамилия отражает не имя, данное при крещении, а бытовую характеристику человека: прозвище могли дать за неторопливость или нелюбовь к работе, и оно закрепилось за потомками.

Какая из версий ближе к истине, сказать сложно. Имена и прозвища в народной среде часто совпадали по звучанию, и граница между ними стиралась. Но для фамилии Филонина обе трактовки работают: в основе лежит либо церковное имя с красивым смыслом «любящий», либо живое прозвище с ироничным оттенком. В любом случае, фамилия эта — типичный пример русской модели образования от личного имени или прозвища с помощью притяжательного суффикса, и она сохранила память о конкретном человеке — Филоне или Филоне, от которого пошёл род.