Фамилия Филоничев образована от имени или прозвища Филонич. Основа здесь — греческое имя Филон (от philos — «друг», «любящий»), которое пришло на Русь вместе с христианством. К нему добавился редкий и необычный суффикс -ич, который в русских фамилиях встречается нечасто. Обычно -ич указывает на отчество (как в сербских или белорусских фамилиях), но в русской традиции XVII–XIX веков так могли называть человека по отцу или по прозвищу, особенно в северных и центральных губерниях.

Вероятнее всего, Филонич — это форма отчества от имени Филон: сын Филона. Затем к ней прирос типичный русский фамильный суффикс -ев, указывающий на принадлежность: «чей?» — Филоничев, то есть потомок Филонича. Получается двойное отчество: сначала от имени отца, потом от имени деда. Такая модель встречается редко, но не уникальна — например, фамилии типа Дороничев или Еремичев построены по тому же принципу.

Менее вероятная, но возможная версия: Филонич могло быть прозвищем, образованным от диалектного слова «филон» — в некоторых говорах так называли ленивого или хитрого человека (от глагола «филонить» — бездельничать, притворяться). Если это так, то фамилия несёт не церковное, а бытовое, прозвищное значение. Однако имя Филон в святцах существовало, поэтому первая версия надёжнее.

Географически фамилия Филоничев привязана к центральным и южнорусским областям — чаще всего встречается в документах из Тульской, Рязанской и Воронежской губерний. Носители её, судя по архивным записям XIX века, были в основном крестьянами и мещанами. Фамилия не получила широкого распространения и осталась относительно редкой — в списках дворянских родов она не фигурирует.

Написание с двумя «и» (Филоничев, а не Филоничев) закрепилось, скорее всего, под влиянием церковной книжной традиции: имя Филон в святцах писали через «и», и это перенеслось в фамилию. Встречаются варианты Филоничев и Филоничов, но первый считается нормативным.