Фамилия Филонинко звучит так, будто её носитель должен быть родом с юга, но на самом деле перед нами один из ярких примеров украинской фамилии, попавшей в русский обиход. Её основа — крестильное имя Филон, которое представляет собой народную форму канонического имени Филимон (в переводе с греческого — «любящий», «ласковый»). В украинской и южнорусской среде имя Филон было распространено самостоятельно, а фамилии на -енко, как известно, типичны для Поднепровья и Левобережной Украины.

Суффикс -енко в украинской ономастике — самый частый патронимический показатель, означающий «сын» или «потомок». Таким образом, Филонинко буквально значит «сын Филона». В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев или -ин, которые часто указывали на принадлежность к отцу (например, «Филонов» — «чей?»), модель на -енко фиксирует происхождение по прямой мужской линии: «Филоненко» — это «маленький Филон», «отпрыск Филона».

Интересно, что в написании фамилии встречается вариант «Филонинко», а не более привычное «Филоненко». Это может быть следствием местного произношения или особенностей записи в документах XIX века, когда при переписи населения писарь мог передать звук «е» как «и» под влиянием акающих говоров. Встречаются также формы Филоненков и Филоненко, но именно с «и» во втором слоге фамилия звучит как редкий диалектный вариант.

О социальном статусе первых носителей можно сказать, что это, скорее всего, казаки или крестьяне, приписанные к определённой слободе или хутору. Фамилии на -енко в массе своей возникли в XVI–XVII веках, когда на территории современной Украины формировалось реестровое казачество и шло активное заселение Дикого поля. Никаких дворянских корней у Филонинко, скорее всего, нет — это фамилия простого люда, чей предок носил имя Филон и не оставил после себя герба, но оставил потомков с характерным окончанием.