Фамилия Филоненко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Филон. Крестильное мужское имя Филон в переводе с греческого означает «любящий». Однако не исключено, что Филон представляет собой стяженную форму имени Филимон, тоже связанным с глаголом «любить». Менее вероятно, что фамилия Филоненко образована от нарицательного «филон», то есть «лентяй». Поэтому Филоненко буквально понималось как «сын Филона».