Основой фамилии Филонов послужило церковное имя Филон. Фамилия Филонов восходит к крестильному мужскому имени Филон, которое в переводе с греческого означает «любящий». Однако не исключено, что Филон представляет собой стяженную форму имени Филимон, тоже связанным с понятием «любить». Не исключено, но менее вероятно, что фамилия Филонов образована от нарицательного «филон», т.е. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Филон, со временем получил фамилию Филонов.