Фамилия Филоновский — одна из тех, где прозрачная основа скрывает неожиданный поворот. На первый взгляд, корень «Филон» отсылает к имени Филон, которое в православных святцах встречается редко, но известно: это греческое «филон» — «любящий». Однако в русской ономастике фамилии на -ский с таким корнем почти всегда указывают не на личное имя, а на географическое название. Скорее всего, предок носителя фамилии был либо выходцем из села или местечка с названием Филоново, Филоновка, либо владел землёй в такой местности. Суффикс -ский в фамилиях — типичный маркер шляхетского или дворянского происхождения в Польше, на Украине и в западных губерниях Российской империи. На востоке, в великорусских землях, эту модель использовали реже, поэтому Филоновский — фамилия с выраженным западным или юго-западным следом.

Если же отталкиваться от прозвища, то Филоном в народе могли называть человека с характером или внешностью, напоминавшими античного философа (иронично — «умник», «задумчивый»). Но эта версия слабее: прозвища редко становились основой для фамилий на -ский, разве что через прозвание владельца поместья. Куда вероятнее, что Филоновские — потомки тех, кто жил в населённом пункте Филоново. Такие топонимы встречаются в Беларуси и на Украине (например, в Черниговской области есть село Филоновка), а также в Воронежской губернии. Именно оттуда, из слободы Филоново, могла пойти фамилия — через священников, казаков или мелких помещиков, чьи фамилии оформлялись по польско-украинской модели.

Стоит заметить, что фамилия Филоновский — сравнительно редкая. В списках российского дворянства она не мелькает, но могла принадлежать однодворцам или казачьей старшине, которые в XVIII–XIX веках нередко брали фамилии по названиям своих хуторов. Альтернативный вариант — семинарская фамилия, данная ученику духовного училища по месту рождения или по имени святого. В этом случае основа «Филон» могла быть связана с памятью мученика Филона (день памяти 12 ноября), но для семинарских фамилий чаще брали приходские храмы, а не редких святых. Так что топонимическая версия остаётся основной.