Основой фамилии Филонова послужило церковное имя Филон. Крестильное мужское имя Филон в переводе с греческого означает «любящий». Известным обладателем имени Филон являлся Филон Александрийский (родился около 25 года до нашей эры, Александрия — умер в 50 годы нашей эры) — выдающийся представитель еврейского эллинизма, центром которого была Александрия, богослов, апологет иудейства и религиозный мыслитель, оказавший большое влияние на последующее богословие своим экзегетическим методом и своим учением о Логосе. Согласно другой версии, фамилия Филонова образована от прозвища Филон, которое восходит к нарицательному «филон», то есть «лентяй». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Филон, со временем получил фамилию Филонова.