Фамилия Филоновская — одна из тех, что сразу выдают своё происхождение. Её основа — имя Филон, а окончание «-ская» указывает на польско-украинскую или дворянскую традицию образования фамилий. В отличие от простых русских фамилий на «-ов» или «-ин», которые часто давали по отцу, фамилии на «-ский» изначально закреплялись за шляхтой и землевладельцами. Поэтому Филоновская — это не «чей-то сын», а скорее «выходец из местности, связанной с Филоном» или «принадлежащий к роду Филоновских».

Корень «Филон» восходит к греческому имени Филон (Φίλων), что означает «любящий», «друг». В православных святцах это имя встречается редко, но в южнорусских и украинских землях, особенно среди казачества, оно было распространено. В сочетании с суффиксом «-овск-» фамилия могла образоваться от названия села или хутора Филоново, Филоновка — такие топонимы есть в Воронежской, Ростовской и других областях юга России. Человек, переселившийся из такого поселения, получал прозвание Филоновский, которое со временем закрепилось за его потомками.

Есть и вторая, не менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть напрямую от имени Филон через патронимическую модель. В польской и украинской ономастике суффикс «-овский» часто присоединяли к личным именам, чтобы подчеркнуть благородное происхождение рода. Например, Филоновские могли быть потомками казацкого старшины или мелкопоместной шляхты, которая взяла фамилию по имени основателя рода.

Стоит заметить, что фамилия Филоновская — женская форма, а мужской вариант — Филоновский. В документах дореволюционной России такие фамилии чаще встречались у дворян и духовенства, но не исключено, что и крестьяне, получившие вольную, могли взять фамилию по месту выхода. Сейчас фамилия редкая, её носители живут в основном на юге России и Украине, а также в диаспоре. Однокоренные фамилии — Филонов, Филоненко, Филончик — показывают, как одна основа разошлась по разным регионам и сословиям.