Фамилия Филоненков — характерный пример русской фамилии, образованной по модели, которая встречается реже, чем стандартные -ов и -ин. Разберём её по составу: в основе лежит имя Филоненко, а к нему добавили русский патронимический суффикс -ов. То есть первоначально Филоненков означало «сын Филоненко» или «потомок Филоненко». Сама же фамилия Филоненко — украинского происхождения, с суффиксом -енко, который указывал на «маленького» или «сына» человека по имени Филон. Получается трёхступенчатая цепочка: Филон → Филоненко (украинская форма) → Филоненков (русская адаптация).

Имя Филон — это народная, сокращённая форма от канонического крестильного имени Филарет (в переводе с греческого — «любящий добродетель») или, реже, от Филипп (любящий коней). В русской и украинской традиции такие усечения были обычны: Филя, Филон, Филька. Таким образом, предок носителя фамилии Филоненков мог быть назван в честь святого Филарета, а его сын уже по украинскому обычаю получил прозвание Филоненко.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским областям и бывшим украинским землям — Курской, Воронежской, Белгородской губерниям, а также к Донскому казачеству. Именно оттуда, с переселением крестьян или казаков на север и восток, форма Филоненков распространилась по России. Двойной суффикс — сначала украинский -енко, потом русский -ов — выдаёт смешанное происхождение рода: предки, вероятно, были выходцами с Украины или юга России, которые влились в великорусскую среду.

Интересно, что в отличие от фамилий с одним суффиксом (Филонов или Филоненко), вариант Филоненков встречается заметно реже. Это не случайная описка, а устойчивая модель, зафиксированная в документах XIX века. Филологи отмечают, что подобные «двойные» фамилии возникали в ситуациях, когда носителя украинской фамилии записывали в русские ревизские сказки, и писарь добавлял привычное -ов для унификации. Поэтому Филоненковы — это, скорее всего, потомки украинских казаков или крестьян, которые давно обрусели, но сохранили в фамилии память о своём южном корне.