Фамилия Филонеко — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с произношением, но происхождение при этом неочевидно. Первое, что бросается в глаза: окончание -еко. В русской ономастике это типичный украинский суффикс, который выполняет ту же функцию, что и русские -ов/-ев или -ин: указывает на принадлежность к роду. Филонеко, таким образом, означает «чей?» — «Филонов» или «сын Филона». Но кто такой Филон?

Здесь возможны два пути. Самый прямой — от имени Филон, которое в православных святцах встречается, хоть и редко. Это греческое имя (Philōn) означает «любящий», «друг». В таком случае предок носителя фамилии мог быть крещён этим именем, а потомки получили фамилию по отцу: Филон → Филоненко → со временем, в устной речи, конечное -енко могло стянуться до -еко. В украинских говорах такое редуцирование — не редкость, особенно в южных и восточных регионах.

Второй вариант — прозвище Филон. В южнорусских и украинских диалектах словом «филон» называли ленивого человека, бездельника, того, кто «филонит». Это значение закрепилось в языке настолько, что в словаре Даля «филонить» — значит «бездельничать, шататься праздно». Если основа фамилии — прозвище, то её носитель мог получить её от предка, которого дразнили Филоном за нерасторопность или склонность к праздности. Эта версия кажется даже более житейской, чем книжное церковное имя: прозвища давали чаще, чем редкие крестильные имена.

География фамилии Филонеко подтверждает украинский след. Фамилия встречается в основном на востоке Украины (Харьковская, Днепропетровская области) и в приграничных регионах России. Встречаются и варианты написания — Филоненко, Филоненков, Филонов, но именно форма на -еко — наиболее локальная, почти «домашняя», возникшая в устной речи и закрепившаяся в документах. Сословной привязки у фамилии нет: её могли носить и казаки, и крестьяне, и мещане — прозвище или имя не давали преимуществ в социальном статусе.

Коротко: Филонеко — скорее всего, украинская фамилия, образованная от имени или прозвища Филон с помощью патронимического суффикса -еко. Значение — либо «сын любящего» (от греческого имени), либо «сын ленивца» (от прозвища). Вторая версия, с прозвищем, объясняет происхождение проще и правдоподобнее.