Фамилия Филонникова — женская форма от Филонников, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -ов указывает на происхождение от личного имени или прозвища отца: Филонник — «сын Филонника» или «человек Филонника». В основе лежит имя Филон, которое в русской традиции восходит к греческому Philon (от phileo — «любить»). В святцах известны несколько святых с таким именем, но в быту оно не было распространённым, чаще встречалось в монашеской среде или в южнорусских и украинских землях.

Интереснее здесь не имя, а суффикс -ник. Он редко встречается в русских фамилиях, образованных от канонических имён. Обычно от Филона делали Филонов, Филоненко или Филончиков. Форма Филонник могла возникнуть двумя путями. Первый: как патроним от уменьшительного Филоня — через суффикс -ник (сравните: Иван — Иванник, Степан — Степанник). Второй: как прозвище человека, связанного с неким Филоном — например, его работника, прихожанина храма в честь святого Филона или даже владельца земли, где жил Филон.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России, но не массовая. В дореволюционных переписях носители Филонниковых чаще всего были крестьянами или мещанами, что типично для фамилий на -ов, не попавших в дворянский гербовник. Есть вероятность, что в некоторых говорах «филонником» могли называть ленивого или уклоняющегося от работы человека (от глагола «филонить»), но это народное переосмысление, а не прямой источник фамилии: глагол появился позже, чем имя Филон.

Спорных версий здесь две, но одна отпадает сразу. Версия о происхождении от греческого «philos» (друг) — это общее место для всех Филоновых, она правдоподобна, но не уникальна. Вторая — от тюркского или финно-угорского корня — не подтверждается ни фонетикой, ни ареалом. Поэтому наиболее надёжным остаётся путь: имя Филон → прозвище или уменьшительное Филонник → фамилия Филонников. Носительница фамилии Филонникова может считать себя потомком человека, которого в округе знали как «Филонникова сына» — либо по имени отца, либо по его связи с кем-то по имени Филон.