Фамилия Филончиков образована от имени Филончик — уменьшительной формы крестильного имени Филон. Само имя Филон — это народная, упрощённая форма греческого имени Феофилакт, что значит «хранимый Богом». В русских говорах звуки «ф» и «хв» нередко путали, поэтому от того же корня пошли фамилии Хвилонов, Хилонов, Филонов. Филончик же — ласкательный вариант, как Иван — Иванович — Иванчиков.

Суффикс -ов в фамилии указывает на типичную восточнославянскую модель: Филончиков — «сын Филончика». Такие фамилии чаще всего возникали в среде крестьян и мещан в XV–XVII веках, когда отчества на -ов закреплялись за целыми родами. В отличие от дворянских фамилий на -ский, Филончиков — пример «простой» фамилии без сословной привязки.

Интересна география: Филончиковы встречаются в основном в южнорусских и украинских областях — в Курской, Воронежской, Ростовской губерниях, а также на Кубани. Это объясняется тем, что имя Филон было особенно популярно на юге России, где греческие имена дольше сохранялись в быту. В северных краях эта фамилия редка.

Ударение в фамилии, как правило, падает на второй слог — Фило́нчиков, но в некоторых говорах могли ставить на третий: Филончи́ков. Вариант с ударением на «о» считается литературной нормой.