Фамилия Филончев — редкий пример, где основа неочевидна, а суффикс подсказывает социальный контекст. В ней выделяется суффикс «-ев», который в русских фамилиях обычно указывает на притяжательность: «чей?» — Филончев, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Филонок, Филонч. Но вот что скрывается в корне «Филон-» — тут начинается самое интересное.

Скорее всего, в основе лежит каноническое имя Филон. Это греческое имя (Φίλων), означающее «любящий» или «друг». В святцах оно встречается, но было редким, поэтому его производные — Филонка, Филоня, Филонч — использовались как уменьшительные или бытовые формы. В русской ономастике известны фамилии Филонов, Филоненко, Филоновский, и Филончев стоит в том же ряду, но с уменьшительным суффиксом «-ч-», который характерен для западнорусских или украинских говоров. Возможно, предок носителя фамилии звался в обиходе Филонч или Филонок, а его дети записались как Филончевы.

Версия с прозвищем тоже имеет право на существование. В южнорусских и украинских диалектах «филон» или «филонить» означало лениться, бездельничать, увиливать от работы. Человек, которого прозвали Филоном, мог получить такое имя за медлительность или хитрость. Однако в фамилиях на «-ев» прозвищная основа встречается реже, чем имя, поэтому версия с греческим именем Филон выглядит правдоподобнее.

Географически фамилия Филончев тяготеет к югу России и востоку Украины. Она встречается в Воронежской, Ростовской областях, а также в Краснодарском крае. Это зона, где смешивались великорусские и малороссийские говоры, что объясняет и суффикс «-ев» (русский), и основу с «-ч-» (украинское влияние). Фамилия не была дворянской — в родословных книгах она не зафиксирована, а её носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами, получившими фамилию при переписях XIX века по имени отца.

По написанию: вариант Филончев — самый распространённый, хотя в документах XIX века можно встретить Филончов, что отражает акающее произношение. Двойных корней или экзотических приставок в этой фамилии нет, что делает её прозрачной для этимологии, если знать про имя Филон.