Фамилия Филончикова — женская форма мужской фамилии Филончиков, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -ов/-ев, а в основе лежит прозвище или имя Филончик. Это характерный для восточнославянской ономастики случай, когда к личному имени добавили уменьшительный суффикс -чик, а затем — фамильный суффикс принадлежности.

Корень восходит к греческому имени Филон (Φίλων), что значит «любящий» или «друг». Имя было известно на Руси через святцы — в православных календарях есть несколько святых с таким именем. В народной речи Филон легко превращался в Филончика: так могли называть младшего сына или человека с мягким, дружелюбным характером. Суффикс -чик в фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и обычно указывает на прозвище, а не на прямое отчество от канонического имени.

Есть и вторая версия, менее вероятная, но не исключённая: Филончик могло быть прозвищем, образованным от диалектного глагола «филонить» — бездельничать, лениться. В говорах северных и центральных областей России «филон» означало лодыря или плута. Однако в пользу имени-основы говорит то, что фамилия Филончиков встречается в документах XVII–XVIII веков, когда уменьшительные формы крестильных имён активно становились фамилиями.

Географически фамилия Филончикова тяготеет к югу России и Украине, особенно к Белгородской, Воронежской и Ростовской областям. Это не случайно: имя Филон было популярно в казачьей среде и среди крестьян Черноземья, где греческие имена в народной переработке давали устойчивые прозвища. Встречаются и однокоренные варианты — Филонов, Филоненко, Филонцев, что подтверждает единую основу.

Что касается сословной принадлежности: носители фамилии Филончиковы в основном были крестьянами или однодворцами. В ревизских сказках XVIII–XIX веков эта фамилия нередко фигурирует в списках государственных крестьян, а не дворян. Таким образом, предки современного носителя фамилии, скорее всего, были вольными хлебопашцами или казаками, а сама фамилия — живым свидетельством того, как греческое имя прижилось в русской глубинке.