Фамилия Филотей — редкий случай, когда в основе лежит не мирское имя или прозвище, а полная церковная форма. Это не сокращённый Филат и не народный Филя, а напрямую греческое имя Филофей (Φιλόθεος), что значит «боголюбивый» (от φιλέω — люблю и θεός — Бог). В русской традиции имя закрепилось в форме Филофей, и фамилия Филотей — это его слегка изменённый, возможно, книжный или южнославянский вариант.

Обратите внимание на окончание: фамилия склоняется как существительное мужского рода (Филотея, Филотею), а не как типичная русская фамилия на -ов или -ин. Такая модель образования — прямое перенесение имени без суффикса — встречается в среде духовенства и в семьях с нерусскими корнями. В России она характерна для греческого, молдавского или сербского влияния, а также для потомков тех, кто получил фамилию по имени отца-священника.

Исторически имя Филофей было каноническим. Его носили святые, например, Филофей Афонский или Филофей Псковский (автор доктрины «Москва — третий Рим»). Поэтому носитель фамилии Филотей с высокой вероятностью происходит из духовного сословия. Предок мог быть священником, дьяконом или монахом, чьё мирское имя в документах записали как «Филотей сын такой-то», а потом это закрепление превратилось в наследственную фамилию. В крестьянской среде такое полное имя почти не встречалось — там предпочитали производные вроде Филатов или Филин.

Есть и версия, что фамилия могла возникнуть в среде старообрядцев, которые активно использовали древние календарные имена в полной форме. Но это лишь предположение: точных данных о географии бытования фамилии мало, она действительно редкая.

В написании стоит запомнить: буква «е» в конце не редуцируется и не меняется на «я». Это не Филотя и не Филотия, а именно Филотей — с ударением, скорее всего, на последний слог. По сути, перед нами не столько фамилия в привычном смысле, сколько законсервированное имя, которое так и осталось в паспорте.