Фамилия Филотов — одна из тех, что образована по самой распространённой в русском языке модели «основа + суффикс -ов», то есть от имени или прозвища, оканчивающегося на твёрдый согласный. Вопрос в том, что это за основа.

Самый прямой путь — от канонического крестильного имени Филипп. Его уменьшительная форма в народной речи звучала как Филóт (с ударением на второй слог). От неё и пошёл Филотов — буквально «сын Филота». Такое сокращение имени Филипп через форму Филя → Филот — вполне типично для русской ономастики, где суффикс -от- (как в Демид от Диомид, или Афоня от Афанасий) служил для образования обиходных, «уличных» вариантов имени.

Есть и более редкая, но любопытная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Филот. В южных и западных русских говорах словом «филот» могли называть человека, увлекающегося философствованием, любящего поразмышлять вслух. В основе лежит греческое «философ» (philosophos), но в крестьянской среде оно переосмыслилось как шутливое прозвище для говорливого или задумчивого мужика. Эта версия менее вероятна, но не исключена для единичных случаев.

Географически фамилия редкая. Основной ареал — центральные области России, с небольшим скоплением в Тверской и Псковской губерниях, где форма Филот как производное от Филиппа встречалась чаще. В отличие от массовых Филипповых или Филатовых, Филотовы — это носители более редкого, локального варианта того же имени.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей сын?»), а основа — на личное имя или прозвище. Филотов — фамилия-патроним, но не от полной церковной формы, а от домашнего, бытового варианта, что говорит о низком или среднем социальном происхождении предков: в крестьянской и мещанской среде такие «усечённые» формы были нормой.