Фамилия Филоян — типичный пример армянской модели фамилии с суффиксом -ян. Этот суффикс, восходящий к древнему -янц, изначально обозначал принадлежность к роду или происхождение («из рода такого-то»). В русской передаче XIX–XX веков окончание часто усекалось до -ян, что и закрепилось в современном написании.

Основа фамилии — Фило — представляет собой вариант армянского мужского имени Филиппос (Филипп). В армянском языке греческое имя Philippos, означающее «любящий коней», трансформировалось в Филипос, а в разговорной речи и диалектах — в Фило, Филос. Таким образом, Филоян — это потомок Фило, то есть человека, которого звали Фило (сокращённая форма от Филипп).

В отличие от русских фамилий на -ов/-ин, которые часто образовывались от прозвищ или профессий, армянские фамилии на -ян почти всегда патронимичны. Это значит, что предок носителя фамилии Филоян с высокой вероятностью был сыном или внуком человека по имени Фило. Имя Филипп было распространено среди армян, особенно в среде, связанной с христианской традицией (апостол Филипп почитается в Армянской апостольской церкви).

Географически фамилия Филоян встречается в основном среди армян, происходящих из Западной Армении (исторические области, ныне в Турции) и из регионов, куда переселялись армяне в XIX–XX веках — Нагорный Карабах, Грузия, Краснодарский край. В России носители фамилии рассеяны по разным регионам, но чаще всего встречаются в Ставропольском и Краснодарском краях, а также в Ростовской области.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Филипян, Филиппов, Филипенко) показывает, что Филоян — более редкий вариант, сохранивший диалектное усечение имени. В армянской ономастике такие сокращения нередки: например, Петросян от Петрос, Геворкян от Геворг. Филоян стоит в этом же ряду — компактная, крепкая фамилия, прямо указывающая на имя родоначальника.