Фамилия Фильян — редкая и неочевидная по происхождению. В ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на нерусскую или искусственную основу. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная не от имени или прозвища, а от географического названия или этнонима.

Самый прямой путь — связать Фильян с тюркским или кавказским корнем. В ряде тюркских языков «филь» или «пиль» означает «слон». Суффикс -ян характерен для армянских фамилий (например, Аветисян, Карапетян). Если предположить, что основа «Филь» — это искажённое «Пиль» (слон) или имя Филь (краткая форма от Филипп, Филарет), то Фильян можно прочитать как «потомок Филя» или «относящийся к слону». Но армянский суффикс -ян обычно присоединяется к именам или прозвищам, а «слон» в армянском — «пил», что дало бы фамилию Пилян или Пильян. Поэтому версия с армянским происхождением слабая: она требует допущения, что исходное слово было переделано под русское произношение.

Более правдоподобна версия о фамилии как русифицированной форме от тюркского прозвища. В татарском, башкирском или азербайджанском языках «фил» (слон) могло стать прозвищем крупного, сильного или медлительного человека. Русские писцы, оформляя документы в XVI–XVII веках, часто добавляли к тюркским основам окончание -ян по аналогии с польскими или южнорусскими фамилиями (например, Дрозд — Дроздян, Кот — Котян). Так Филь мог превратиться в Фильяна. Фамилия могла закрепиться в среде служилых татар или крещёных тюрков, которые переселялись в центральные губернии России.

Третья, менее вероятная, но возможная версия — от греческого слова «филео» (люблю). В таком случае Фильян — это «любимый», но тогда фамилия должна была бы звучать как Филеян или Филеанов. Греческие фамилии на -ян встречаются у понтийских греков, но обычно они образованы от имён (Христофор — Христофорян). Без документальных подтверждений эта гипотеза остаётся спекулятивной.

География фамилии крайне узкая. Фильян не встречается в массовых списках дворянских родов, купеческих гильдий или известных казачьих станиц. По данным современных телефонных справочников и баз ЗАГС, носители фамилии единичны и рассеяны: несколько семей в Ростовской области, Краснодарском крае и на юге Урала. Это косвенно подтверждает версию о тюркско-казачьем происхождении: на Дону и Кубани оседали выходцы из Крыма, Турции и горских народов.

Единственное, что можно сказать с уверенностью: фамилия Фильян — не русская по модели образования. Она возникла на стыке культур, и её носители, скорее всего, потомки тех, кто в XIX веке получил фамилию при переписи или переходе из ислама в православие. Точное значение угадывается лишь предположительно — «слон» или «слоновий», что звучит необычно, но не уникально для русских фамилий (сравните: Слонов, Мамонтов).