Фамилия Фильянский — одна из тех, что сразу обращает на себя внимание характерным суффиксом -ский. В русской ономастике этот суффикс указывает на происхождение от географического названия или, реже, от имени владельца поместья. Чаще всего такие фамилии носили дворяне, получившие их по названию своих имений, или выходцы из западнорусских земель, где -ский был особенно распространён.

В основе фамилии лежит, скорее всего, топоним Фильяны (или Фильян). Названий с таким корнем в исторических документах немного, но они встречаются. Например, существует село Фильянское (Фильянцы) на территории современной Украины или в Польше. В таком случае предок носителя фамилии был либо владельцем этого села, либо его уроженцем — «Фильянский» буквально значило «тот, кто из Фильян».

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от личного имени Филя (уменьшительное от Филипп или Филарет) с добавлением суффикса -ян- (как в фамилиях Мартьянский, Ильянский). Однако такая словообразовательная модель для русских фамилий редка и скорее характерна для украинской или польской традиции, где -ян- могло быть частью прозвища.

Интересно, что фамилия Фильянский не попала в число массовых дворянских родов, записанных в «Бархатную книгу» или «Общий гербовник». Это говорит о том, что её носители, скорее всего, принадлежали к мелкопоместному дворянству, однодворцам или духовенству. В среде священнослужителей фамилии на -ский часто давали по названию села, где стояла церковь. Так что предок Фильянского мог быть священником в селе Фильяны.

Сегодня фамилия встречается редко, преимущественно в западных областях России, Беларуси и Украины. Её написание с мягким знаком (Фильянский, а не Филянский) закрепилось, вероятно, под влиянием польской орфографии, где мягкость согласного обозначается буквой «ь».