Фамилия Филяков напрямую связана с уменьшительной формой Филя, которую в старину использовали для целого ряда крестильных имён. Чаще всего за ней стоит имя Филипп — в переводе с древнегреческого «любитель лошадей». Но не обязательно: Филей могли звать и Филимона («любимый»), и Филарета («любящий добродетель»), и Феофила («любимец Бога»), и даже Памфила («всеми любимый»).

Суффикс -аков в фамилии указывает на типичную модель образования от прозвищного имени: Филяк — так в разговорной речи могли называть человека по имени Филя. Форма с суффиксом -ак придаёт имени более простонародный, бытовой оттенок, что характерно для северорусских и поволжских говоров. Фамилия Филяков закрепилась как отчество: сын Филяка становился Филяковым, то есть «из рода Филяковых».

Интересно, что при таком обилии возможных первоисточников точное имя предка без документов не восстановить. Но в любом случае фамилия восходит к греческим именам, которые пришли на Русь вместе с христианством и быстро адаптировались в народной среде, породив множество уменьшительных форм. Филя — одна из самых живых и употребительных среди них.

Сама фамилия встречается преимущественно в центральной России и Поволжье, что согласуется с географией распространения суффикса -ак/-як в прозвищах. Носители Филяковых — потомки крестьян или посадских людей, чьих предков в быту звали просто Филяками, без намёка на род занятий или характер. Это типичная «имя-отчество» фамилия, которая говорит о семейной традиции, а не о ремесле.