Фамилия Филякина чаще всего восходит к крестильному имени Филипп, которое пришло на Русь из греческого языка и означает «любитель лошадей». Однако путь от этого имени к фамилии не прямой, и в нём скрыта главная особенность, отличающая Филякиных от многочисленных Филипповых, Филиных и Филоновых.

Исходная форма — уменьшительное Филя, одно из народных сокращений имени Филипп. От него образовали не просто отчество, а притяжательное прилагательное с суффиксом -ин: Филякин буквально значит «чей-то сын», то есть «сын Фили». Такая модель типична для имён, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный, и в старину она была распространена в северных и центральных русских говорах. Поэтому носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьянской или рабочей среды, где именем Филя пользовались повсеместно, не видя в нём ничего пренебрежительного.

Существует и другая версия, но она заметно слабее. Согласно ей, в основе лежит не имя, а прозвище Филя, связанное с нарицательным «филя» — так в ряде областей называли простака, разиню или простофилю. Эта гипотеза правдоподобна лишь отчасти: слово действительно бытовало в диалектах, но путать его с сокращением от Филиппа стали уже позднее, когда имя утратило былую популярность. В XV–XVII веках, когда фамилии только закреплялись, Филя воспринималось в первую очередь как имя, а не как обидное прозвище. Так что версия с «простофилей» — скорее народное переосмысление, чем отражение реального прозвища предка.

Интересно, что фамилия Филякина сохранила архаичную форму именно потому, что закрепилась в среде, где отчества на -ин были обычным делом. В документах встречаются и мужской вариант Филякин, и женский Филякина, причём ударение устойчиво падает на второй слог. Родственные фамилии — Филяев, Филягин, Филюкин — образованы от тех же корней, но с другими суффиксами, и их география шире: они встречаются и в Поволжье, и в Сибири, куда переселенцы увозили свои семейные прозвания.